celldatasci DNAstorm FFPE 試劑盒說明書

DNAstorm™ FFPE 試劑盒 - 從 FFPE 樣品中高效提取高質(zhì)量 DNA

DNAstorm™ FFPE 提取試劑盒由專有的 CAT5™ 技術(shù)提供支持，可增強(qiáng)去除甲醛引起的損傷，并提供更高產(chǎn)量和質(zhì)量的 DNA，以及更大的擴(kuò)增能力。DNAstorm™ 試劑盒是新一代測序和其他高級應(yīng)用的最佳解決方案。

DNAstorm™ FFPE 試劑盒現(xiàn)在還提供 MagBead 格式 - DNA 分離不需要離心機(jī)。

使用 DNAstorm™ FFPE 試劑盒和流行的競爭對手的試劑盒從四種不同的 FFPE 腫瘤樣本（結(jié)腸直腸、肺、膀胱和食道）中提取 DNA。加載等量 (500 ng) 的 DNA 并在脈沖場凝膠上運(yùn)行。使用 DNAstorm™ 試劑盒可以看到平均 DNA 大小的顯著改善。

從 FFPE 組織中提取的 DNA 的脈沖場凝膠。“Kit R"代表具有競爭力的商業(yè) DNA FFPE 提取試劑盒。

經(jīng)常問的問題

使用 DNAstorm™ 試劑盒獲得的 DNA 中是否存在污染 RNA？

通過在裂解步驟后立即執(zhí)行優(yōu)化的 RNase 消化步驟，消除了來自 RNA 的污染。

我可以從 FFPE 樣本中獲得多少 DNA？

影響獲得的 DNA 總量的最大變量是樣本本身的質(zhì)量（即組織的類型和數(shù)量，以及樣本的分離和保存注意事項）。使用 DNAstorm™ 試劑盒，并假設(shè)至少合理的樣品質(zhì)量，可以獲得大于 1 µg 的量。

使用 DNAstorm™ 試劑盒獲得的 DNA 能否用于下一代測序？

是的。如果 DNA 具有足夠高的質(zhì)量，則可以獲得高質(zhì)量的文庫。

應(yīng)如何準(zhǔn)備組織？

使用切片機(jī)從 FFPE 樣品中獲得 5-10 µm 切片。如果可以可靠地切割，可以使用小于 5 µm 的切片。不推薦厚度超過 10 µm 的切片，因為它們可能無法*消化。

我可以使用非石蠟包埋的組織嗎？

是的，可以使用未包埋在石蠟中的組織。在這種情況下，我們建議機(jī)械研磨相當(dāng)于推薦切片數(shù)量的組織。

我可以使用 FFPE 內(nèi)核嗎？

是的，可以使用 FFPE 核心。因為核心不是使用切片機(jī)處理的，所以樣品消化往往更困難，如果觀察到不*消化，建議進(jìn)行機(jī)械均質(zhì)（例如使用鋼珠）。

您推薦哪種脫蠟方法？

DNAstorm™ 試劑盒包括推薦的脫蠟試劑。與其他常用方法（例如二甲苯）不同，脫蠟試劑高效、無毒且不需要使用通風(fēng)櫥。在我們的測試中，所包含的試劑在去除石蠟和純化高質(zhì)量核酸方面至少與二甲苯一樣有效。

將脫蠟試劑與 CAT5 裂解緩沖液混合后，我看到脫蠟試劑層和水層之間有白色混濁層。這是什么以及它如何影響提取？

白色混濁層是脫蠟試劑和 CAT5 裂解緩沖液之間的乳液，當(dāng)這兩種試劑渦旋或混合時可能形成。為避免此問題，我們建議在脫蠟試劑和 CAT5 裂解緩沖液接觸時不要渦旋樣品。當(dāng)需要在這兩種試劑存在的情況下混合時（例如添加蛋白酶時），我們建議移液器混合。通過以最大速度 (> 16,000 xg) 使樣品劇烈旋轉(zhuǎn)至少 2 分鐘，可以去除白色混濁層。時間的長短取決于乳液的體積。

我如何評估我獲得的 DNA 的完整性？

由于從 FFPE 組織樣本中分離出的 DNA 大小分布廣泛，我們建議使用脈沖場凝膠電泳 (PFGE)。也可以使用基于毛細(xì)管電泳的方法，例如安捷倫生物分析儀，但可能無法正確分離質(zhì)量更好的樣品中的高分子量碎片（大于 10k）。

為什么我提取的 DNA 無法正常擴(kuò)增？我注意到很多沒有意義的 PCR 抑制和/或 Ct 值。

當(dāng)使用大量 FFPE 提取的模板 DNA 時，通常會觀察到 PCR 抑制。這種抑制通常不是由于污染物的存在，而是由 DNA 本身的殘留化學(xué)修飾和損傷引起的。對 PCR 協(xié)議的幾個簡單調(diào)整可以克服這個問題。首先，應(yīng)減少模板 DNA 的量。其次，PCR 聚合酶的用量應(yīng)增加 2-4 倍。第三，應(yīng)延長退火和延伸時間。第四，可以增加dNTPs的量。